霉菌的综合防治可分为药物防治和非药物防治两种。病虫害防治方法是用化学药剂驱虫、防霉、杀虫、杀菌。非物理防治法是用物理手段代替化学方法来控制虫霉的方法。随着人们对化学原料危害的认识不断提高，文献保护界普遍提倡用化学方法来控制纸质文献的虫霉。
非化学控制方法包括高能射线（比如γ射线）辐射、远红外射线辐射、微波加热、低温冷冻、低氧调节等方法。根据论文文献，高能电离辐射、远红外射线辐射、微波加热等方法因其副作用或未知副作用仍是争议焦点。*成功的非生物控制方法是低温冷冻和低氧调节。
—冷冻保存—
超低温保存有以下优点:可杀灭不同虫期的害虫；通过蒸发水分，可以缩短害虫的杀灭时间。虽然大部分人的纸质文件都可以通过低温冷冻杀死，但有研究指出，如果藏品的材质比较脆弱或者易碎，低温冷冻可能并不适合。中国台湾故宫博物院认为，如果将精美的彩绘书画低温冷冻，组成颜料的部分动物胶会变脆。冷冻保存可以抑制螨虫的生理过程，但很难杀死螨虫。
低温冷冻的杀虫效果取决于冷冻温度和冷冻效果的持久性。低温杀虫所需时间随温度降低而缩短，因昆虫种类不同而异。超低温保存还需要警惕一些害虫的抗冻性。有研究指出，如果冷冻温度缓慢降低，一些害虫可能会进入“冬眠期”，从而逃脱灾难。因此，如果采用低温冷冻法杀虫，建议使用专业工具和低温冷冻杀虫设备。普通冷冻设备不能在短时间内迅速将温度降低到该类昆虫的致死温度带，难以达到杀虫效果。
—低氧水平—
低氧调节的方法是将昆虫的文献放在低氧的密闭空间(氧气浓度3％以下)，使昆虫因缺氧而打开气孔，*后脱水死亡。对人类文献有害的霉菌多为需氧微生物，在缺氧的情况下容易死亡，但需要较低的氧浓度。在目前的设备条件下，低氧控制更多用于杀虫。
缺氧杀虫的突出优点是无毒、零污染、操作安全。如果使用得当，可以杀死不同昆虫阶段的所有害虫。国内外都有国外的研究:缺氧环境(氧气浓度0.1％)下，纸质文档的害虫可以100%死亡。
与化学熏蒸相比，低氧杀虫时间长。例如，熏蒸通常*多只需要两天，而用低氧杀死昆虫则需要两周甚至更长时间。与低温冷冻相比，低氧法可以杀死整个纸质文献库中的昆虫，而不需要则是分批处理。对于整个图书馆文献进行缺氧杀虫，需要用对通风、透湿要求极高的组分材料密封空间，成本也相对较贵。
在推荐的两种化学杀虫方法中，低氧法比低温冷冻法更适合。对于那些有风险的藏品，如彩绘中国画、彩绘木雕等，采用低温冷冻杀虫是安全的。在实际的病虫害防治中，可以根据文献的具体特点选择合适的的方法。
